A büntetőeljárásnak rengeteg különféle alapelve van, amelyek elvi tételekként keresztülhúzódnak az egész eljáráson, és nagy általánosságban kifejezőek a teljes büntetőeljárás minden sajátosságára.
Eszerint meghatározzák az eljárás rendszerét és módszerét, a kapcsolódó cselekmények rendjét, az eljárásban résztvevők jogi helyzetét, valamint akár még a büntetőjogi felelősség eldöntésének szabályait is.
A büntetőeljárás alapelveit nagyon sokféleképpen csoportosítják nemcsak a hazai, hanem a nemzetközi jogrendben is. A legáltalánosabb nézet szerint azonban a büntetőeljárás alapelvei kapcsán leginkább szervezeti és működési kritériumokat különböztethetünk meg egymástól. A szervezeti alapelvek közé tartoznak például a bíróságokhoz kapcsolódó igazságszolgáltatási monopólium, a törvény előtti egyenlőség kérdése, a társas bíráskodás, a néprészvétel, illetve természetesen a bírói páratlanság és függetlenség vélelme. A szervezeti alapelveket általában az Alkotmány tartalmazza, míg a működési elveket a Be., és ezek egészen pontosan a következők:

A büntetőeljárás 10 alapelve
- Kontradiktórium, avagy az eljáráshoz kapcsolódó feladatok megosztásra, ami a gyakorlatban azt jelenti, hogy a büntetőeljárás során a vád, a védelem és az ítélkezés is elkülönülnek egymástól.
- A vádelv, avagy a bíróság eljárásának az alapja, vagyis a bíróság az ítélethirdetésig csak és kizárólag a törvényes vád alapján járhat el. A vád kizárólag akkor törvényes, ha a vádemelésre jogosult bírósághoz eljuttatott indítványban felbukkanó vádlott mások által pontosan körülírt, bizonyított, vélhetően törvénybe ütköző cselekedete miatt bírósági eljárás lefolytatása indokolt. A bíróság kizárólag annak az egy személynek a büntetőjogi felelősségéről dönthet, aki ellen vádat emeltek, és kizárólag abban a cselekményben, amelyet a vád tartalmaz. A bíróság köteles arra, hogy kimerítse a vádat, de azon túl ne nyúljon!
- Jog a bírósági eljáráshoz, vagyis mindenkinek joga van ahhoz, hogy bíróság döntsön az ellene felhozott vádak igazáról, illetve ennek ellenkezőjéről. Kizárólag a bíróság jogosult tehát arra, hogy bűncselekmény elkövetése miatt megállapítsa bárkinek a felelősségét, illetve büntetést szabjon ki rá.
- A jogorvoslati jog, vagyis ha a törvény nem tesz kivételt, akkor minden esetben jogorvoslatnak van helye az ügyész és a nyomozó hatóság által hozott határozatok, illetve természetesen az ügyész és a nyomozó hatóság intézkedési ellen is.
- A bizonyítási teher, ami azt jelenti, hogy a vád bizonyítása minden esetben a vádló felelőssége, és az ő terhe is egyben. Amennyiben egy vádat nem tudnak kétséget kizáróan bebizonyítani, nem is helytálló a vádlottal szemben.
- A védelem joga, vagyis minden vádlottat megillet a védelem joga annak érdekében, hogy bizonyítsa igazát, illetve szabadlábon védekezzen. Ezt a jogot természetesen lehetőség van megvonni bizonyos esetekben – példának okáért akkor, ha fennáll a szökés lehetősége –, mégpedig a BE-ben meghatározott és lefektetett okok és törvények esetében. A vádlott minden esetben személyesen védheti meg az igazát az ellene felhozott vádakkal szemben, de ezt a jogot az eljárás bármelyik szakaszában egy kirendelt védő is gyakorolhatja. A bíróság minden esetben biztosítja – az ügyészséggel és a nyomozó hatósággal együtt –, hogy akivel szemben a büntetőeljárás lefolytatják, az a törvényben lefektetett módon lehetőséget kapjon a védekezésre.
- Az officialitás, avagy a hivatalból való eljárás, aminek a lényege az, hogy a nyomozó hatóságnak, az ügyészségnek és majdan a bíróságnak is a szakmai kötelessége, hogy a törvényben lefektetett feltételeknek megfelelően bűncselekmény vagy a törvény elleni vétség esetén a büntetőeljárást megindítsák és azt teljes egészében lefolytassák.
- Az ártatlanság vélelme: amíg a bűnösséget a bíróság nem állapítja meg jogerősen egy határozatban, addig senki sem tekinthető bizonyítottan bűnösnek.
- Tilalom az önvádra való kötelezés kapcsán, vagyis senki sem kényszeríthető arra, hogy olyan vallomást tegyen, amely önmaga ellen bizonyítékot szolgáltat.
- Az anyanyelv használata, vagyis Magyarországon a büntetőeljárás nyelve minden esetben a magyar. Amennyiben valaki nem tud magyarul, amiatt senkit sem érhet hátrány a jogorvoslat során. A büntetőeljárás során mind szóban, mind írásban mindenki a saját anyanyelvét, a regionális vagy a kisebbségi nyelvét, vagy ha a magyar nem ismeri, akkor az általa ismertként megjelölt egyéb nyelvet használhatja tolmács társaságában.